过度干燥空气
空气净化器在清洁空气的同时，也会去除其中的一些水分。长时间运行时，它可能会导致室内空气变得非常干燥，影响人的呼吸道和皮肤健康。过度干燥的环境还容易引起静电，尤其是在冬季或使用中央暖通系统时，更是如此。这不仅对人们造成不适，还有可能损害电子设备。
产生二次污染物
一些高效能的HEPA（高效颗粒物滤网）空气净化器在清洁大规模颗粒物时，可能会通过摩擦产生静电，然后再吸附到其表面上的细小颗粒上形成“副产品”。这些副产品被称为“二次污染”，虽然它们比初始污染物更小，但仍然具有潜在的毒性，对敏感人群来说可能造成严重健康问题。
增加细菌繁殖
长时间开启空调或风扇与空气净化器相结合，可以降低室内温度，使得微生物生存环境更加适宜。由于湿度控制不当，有利于细菌和霉菌等微生物的繁殖，这对于有呼吸道疾病史的人来说是一个风险因素。此外，一些未经充分消毒和维护良好的机器内部部件也可能成为细菌滋生的温床。
噪音影响睡眠质量
空调、风扇和一些型号较旧或设计不佳的空气净化器，在工作时都会发出一定程度的声音。这些声音如果强烈或者持续不断，不仅会打扰到居住者，还会影响他们的大脑活动，如睡眠质量下降，这直接关系到身体恢复能力以及日常精力水平。
能源浪费与成本增加
24小时连续运作意味着能源消耗加倍，而这对于家庭财务状况是一个负担。不断地支出更多费用来支付电费，同时也对自然资源造成了额外压力。在经济困难的情况下，即使是一点点节省都很重要，这一点尤其适用于那些每月预算有限的人群。如果能够合理调整使用习惯，比如设置定时启动/关闭功能，那么既可以减少能源浪费，又能避免超出预算的问题发生。
