过热现象
微波炉的工作原理是利用非离子磁场产生高速旋转的水分子来加热食物。然而，如果操作不当，例如没有充分地翻动食物或者时间过长，可能会导致食品内部温度升高而外部表面保持冷硬，这种情况被称为“热点”或“焦化”。这种现象不仅影响了食物的口感，还可能引起火灾风险。此外，由于微波能量对不同材料的吸收率不同，容易造成食物部分变质，从而增加着身体健康方面的问题。
电磁辐射
虽然科学研究表明，短期内暴露于微波炉辐射中对于一般人来说是不伤害健康的，但长期接触或敏感人群（如儿童、孕妇和患有癌症的人）存在一定风险。特别是在未经适当保护的情况下，对于频繁使用手机等电子设备的人来说，他们可能会更容易受到电磁干扰，从而影响日常生活和工作效率。
食品营养流失
通过加热过程中，不同类型和成分的营养素会有不同的损失程度。在某些情况下，尤其是高温快速加热过程中，如速冻蔬菜、肉类等，以至于一些维生素（如维生素C和B群）甚至蛋白质都可能发生破坏。这意味着即使所选取的是低脂肪、高蛋白饮食，也无法保证获得足够的营养。
食品安全问题
由于预设时长通常不足以完全杀死所有细菌，因此如果将未煮熟或半熟食品放在微波炉里再次加热，也不能确保消灭出现在其中的一切细菌。此外，如果食品包装未正确封闭，即使经过短时间放置也存在污染风险。因此，在进行任何形式的地面处理前务必彻底清洗并烹饪到适宜温度以防止传播疾病。
火灾隐患
尽管现代微波炉设计考虑到了火灾防护措施，但仍然存在操作错误导致火灾的情况。比如，将湿润的手套放入空调滤网上清洁，或在密闭空间内用餐时忽视了排烟系统，都极大增加了燃烧气体积聚从而引发火警风险。此外，一些旧式或自制配件若与电路接触亦可引发电弧形成火花，最终演变为严重事故。
