在二级反渗透实验室纯水机的使用和维护中，首先要注意精密滤芯的更换周期。这些滤芯是用来过滤掉原水中的泥沙等大颗粒物，它们的过滤精度可以达到5微米或1微米。新的滤芯通常呈现白色，但随着时间的推移，它们可能会因为沉积了泥沙而变成褐色。当这个颜色的变化被观察到时，通常需要将其清洗以去除表面的污垢，然后可以继续使用一段较短的时间。但是，这种做法并不是长期可行，因为长期使用污染过滤芯会影响纯水质量。
此外，还有一个重要部件叫做纯化柱，它通过离子交换来深度脱盐，最终生成一级水或超纯水。这部分设备的寿命主要取决于电阻率，当电阻率低于某个特定值时，就说明纯化柱已经到了更换的时候。
活性炭滤芯则主要用于去除异味和有机物自来水中的余氯对反渗透膜有一定的氧化作用，因此必须通过活性炭进行处理。一年左右活性炭就能达到饱和吸附，需要更换。
最后，反渗透膜是超纯水机最关键的一部分，其孔径极小，在使用过程中容易积聚细菌等微生物，一般都配备有反冲洗功能以清洁污染物。如果长时间不用，则需要将其浸泡在消毒液中，以防止细菌生长。这种膜每两到三年就会因客户用量而失效，所以选择合适规格至关重要。
在日常应用中，用户应根据自己的需求分开选取“普通”（即未经经过純化柱处理）和一级（经过純化柱处理）的不同类型供需。在购买超纯水机时，也应该考虑原来的无机、有机实验内容，以及所需仪器类型以及来源是否为合格自来水，并提供详尽信息给厂商以便他们推荐最佳型号。此外，对于地下或含硬度高、高含盐量源头的自来 水也应采取额外措施，如预处理装置、软化装置或采用二级反渗透工艺。
