选择合适的灭菌温度
高压蒸汽灭菌器在进行生物制品的灭菌时，所需的灭菌温度是非常关键的因素。一般而言，根据不同的微生物和产品特性，需要选择不同的滅菌溫度。例如，对于大多数细菌、病毒和真核生物来说，通常采用121°C作为标准滅菌溫度。这一温度下，大部分微生物都无法存活。但对于某些特殊要求，如对抗寄生虫或杀死有抗热性的细菌，则可能需要更高或更低的温度。此外，对于一些易溶物质如蛋白质或者糖类等，其不稳定性较大的情况下，也会要求降低到115°C甚至110°C以保证產品質量。
控制正确的保温时间
在达到预设灭菌温度后，还必须保持一定时间来确保所有微生物都被彻底杀死。这个保温时间取决于产品规模、材料类型以及所使用的设备性能。在设计实验室级别的大型高压蒸汽灭菌器时，这个参数尤为重要，因为它直接影响到最终产品质量。而在实际操作中，一旦确定了具体值，就要严格按照程序执行，以免由于人为错误导致滅淨效果不足。
监控有效湿度
有效湿度（AH）是指在给定的条件下，在容器内可以转换成水蒸气总量的一种表达方式，它对於殺滅細胞至關重要。當壓力足夠時，即使是在較低溫下也能達到足夠高的AH，這樣即使是一些耐熱細胞也不會存活。如果監控系統失靈或者設置錯誤，那麼無論何種處理，都無法確保產品安全。
精确控制压力
控制好压力对于保证整个滅淨過程中的恒定條件至关重要。大多數場合，對於消毒過程而言，可以通过调整沸点来实现此目的。当密闭容器内部环境达到沸点时，无论其外部环境如何变动，由於內部壓力超過大氣壓，所以內部環境就像一個独立的小宇宙，不受外界影響，从而能够完成消毒工作。在實際應用中，如果沒有恰当地調整壓力，那么即便達到了理想溫度，也難以達成真正有效殺傷作用。
注意冷却过程
最後但同樣不可忽略的是冷卻过程。在完成殺滅之后，要將設備迅速降至安全範圍以防止重新感染。這個步驟也是運行周期中相當重要的一環，因為如果進行得不當，有可能導致重新發生結晶現象，使得原本已經經歷了高壓與長時間曝露於135℃以上環境下的產品，在急劇降溫過程中再次生成結晶體，並且這些結晶體會嚴重影響最終產品質量。如果設計良好的冷卻系统可以避免这一问题，并帮助快速恢复设备准备进行新一轮实验室操作。
